在RO系統中，RO反滲透純水機價格主要存在的是好氧性細菌，一般未見真菌和霉菌，好氧菌在系統不同階段分布不同，原水罐是滋生細菌的主要場所，其次RO處理器內部也有細菌的生長。
在反滲透水處理系統運行過程中，反滲透純水機若系統設計不合理或運行控制不當，必然會出現膜污染的情況。在膜污染的幾種類型中(沉淀污染、微生物污染、膠體污染等)，微生物污染具有其特殊性，它在反滲透水處理中所造成的運行困難是最嚴重的一種。目前，國內在反滲透水處理系統運行中，膜的微生物污染問題日漸突出。
生物污染是指微生物在膜-水界面上積累從而影響系統性能的現象。微生物污染是膜材料、流動參數(如溶解物，流動速度，壓力等)和微生物間復雜的相互作用的結果。微生物污染基本上是一個生物膜生長的問題
微生物污染的主要來源是RO進料水。由于地表水和淺層地下水中都存在著微生物，預處理系統未正常有效工作，微生物就會進RO組件，而RO組件內部潮濕陰暗可為微生物生長提供理想環境，若在進人反滲透系統前不加以殺滅，這些微生物將以反滲透膜為載體借助反滲透濃水段的營養鹽而繁殖生長，在溫較熱的條件下，微生物的生長更是迅速，幾天之內便可在反滲透膜表面形成生物膜層，導致反滲透系統進出水間壓差迅速增大，產水量與脫鹽率快速下降，同時污染產品水。另一方面預處理也可能是微生物污染源，如輔助除去懸浮物體的絮凝劑過量，給微生物提供了適宜的生長環境。